Während der Nicht-Wissenschaftler zwischen den Wörtern „Hypothese“ und „Theorie“ kaum einen Unterschied macht, ist dies beim Wissenschaftler anders. Dieser stellt zuerst eine Hypothese auf, die er daraufhin auf ihre Richtigkeit überprüft, z.B. durch Experimente. Hat er genügend Hinweise für die Richtigkeit seiner Hypothese erbracht, und ist seine Hypothese in Wissenschaftskreisen anerkannt und akzeptiert, spricht man von einer Theorie. Kann er diese Beweise nicht erbringen, oder erbringt er gar Beweise dafür, dass seine Hypothese falsch war, so bleibt diese auf immer… eine Hypothese (wie z.B. die „Gottes“-Hypothese).
Manchmal hört man als Gegenargument zu Darwins Evolutionstheorie, diese sei eben „nur eine Theorie“. Wobei den Benutzern solcher Argumente der von Wissenschaftlern gemachte Unterschied zwischen Hypothese und Theorie wohl nicht bekannt sein dürfte.